Идея сыровата, но кто играл в “Космические Рейнджеры 2”, оценит. 
Как вариант - сделать отдельную ветку развития навыков и умений для каждой подфракции (Авангард и тд). По мере роста ранга добавлять немного к характеристикам кораблей этой подфракции. Сделать враждующие отношения подфракций разных сторон. При уничтожении корабля такой подфракции - увеличенный опыт, креды, медальки. Сюжет припаять к этой вражде, ту же ранговую ветку развития под это дело подпаять, сингл\взвод миссии разных вариантов сложности, миниигры и описание, как в “Космические Рейнджеры 2”. Это было бы весело.