Пришла мне такая безумная идея:
А что если некоторым модулям доведенного до фиолетового цвета, дать уникальный дальнейший фракционный апгрейд в оранжевый, что ограничит работу бонуса \ либо всего модуля к кораблям конкретной фракции.
Пример уникальности: Система “ЭГИДА” командника улучшенная до оранжевого цвета с модификатором Иерихона, на иерихонском команднике будет иметь повышенные значения: +30% Иерихонским союзным кораблям. Если же установить её на корабль отличной от фракции Иерихона, то бонус будет стандартный как от фиолетовой\оранжевой модификации.
Такую уникальность можно присвоить следующим модулям: Поляризатор покрытия, Анализатор гравиполя и тп.
Эту уникальность можно дать и пассивным модулям.
Соответственно для апгрейда того или иного модуля, нужна лояльность указанной фракции.
Если поднятая мною тема будет интересна, я с радостью продумаю уникальность модулей, а ТТХ уже на выбор разработчиков во имя Баланса конечно же. Пока только набросок самой идеи.
PS Хотелось бы как то разнообразить выбор фракции, тк нет не какой необходимости в выборе за какую сторону играть, сейчас не вижу. В начале игры выбирал с душой, понравился дизайн Иерихона, их акцент на Шитах, летал только в секторе Иерихона… а потом, все слилось в один тазик, летаю на покрышке Иерихона, хилл имперцев, команд федератов… Эсминец Сибул, но утанкован на корпус, не имея слотов в щитах ,с кинетической пушкой. 
В игре потеряна уникальность фракций, нет различий не в технологиях, не в вооружениях кроме дизайна корабля и слотов на них. Но я верю в Разрабов, они меня радуют и радуют )думаю и это скоро подправят.